スマートフォンで「このWebサイトから自動的に電話をかけることは禁止されています」と表示されます。

問題ございません。

「通話を許可」を押していただければ、発信ボタンが表示されますので、そのまま電話をおかけください。
iOS10.1以降のSafariでは、1つのページで電話番号リンクを3回以上クリックするとこのようなメッセージが出る仕様になっています。

※その他のブラウザ（Google Chrome等）では表示されません。